Partenaire EDyP, CEA de Grenoble

Contact

Laboratoire d'Etude de la Dynamique des Protéomes (LEDyP)
CEA de Grenoble
17 rue des Martyrs
38054 Grenoble cedex 09

Coordinateur du projet: Jérôme Garin

EDyP
IRTSV, CEA de Grenoble

Expérience en rapport avec le projet

La plate-forme de proéomique de l'EDyP (plate-forme IBiSA) est la base de l'activité scientifique de l'U880, qui est une unité mixte de recherche INSERM/CEA/Université Joseph Fourier.
Renforcée par son expertise en biochimie, spectrométrie de masse et technologie informatique, cette plate-forme développe des nouvelles méthodes analytiques dans le domaine de la proteomique et offre ses services de proteomique à la communauté. Pour réaliser cet objectif, la plate-forme est organisée en quatre groupes technologiques complémentaires.

Le savoir-faire élaboré par ces groupes est mis en application dans le cadre des collaborations effectuées avec les laboratoires universitaires et industriels, et dans le cadre de projets scientifiques de l'U880, ce dernier couvrant trois thèmes majeurs:

  1. la recherche et l'évaluation de nouveaux biomarqueurs,
  2. l'étude de la dynamique des protéomes cellulaires et sous cellulaires,
  3. et l'annotation de génomes.

Les collaborations scientifiques se font essentiellement dans des structures contractuelles, après des réponses fructueuses aux appels d'offres nationaux ou internationaux. Plusieurs projets collaboratifs sont actuellement en voie de réalisation, trois d'entre eux financés par l'ANR, deux par l'INCA et deux par l'UE (un projet de FP7 commençant en mars 2008, coordonnés par Jérôme Garin)

Mots clés

Protéomiques ; Spectromètrie de masse ; Chromatographie liquide ; Extraction des données.

Equipements

La plate-forme de proéomique est composée d'un robot (Tecan) pour la préparation à haut débit des échantillons, et de cinq instruments nanoLC-nanoESI-MS/MS, incluant un spectromètre de masse OrbiTrap, un spectromètre de masse à transformée de Fourier (LTQ-FT) et un spectromètre de masse Q-Trap.
Tous ces spectromètres de masse sont couplés à des instruments de chromatographie liquide nano débit.
Pour les analyses haut débit, des outils informatiques ont été développés, comme IRMa, (“Intégration des Résultats de Mascot”) qui permet de récupérer, automatiquement, et sous un format facilement manipulable, un jeu prédéfini d'éléments d'informations qui sont considérés comme étant pertinents pour la validation de l'identification de la protéine faite par le logiciel commercial Mascot. Une infrastructure de stockage et d'archivage (SAN) est opérationnel et permet de stocker 4.3 Tb de données de spectrométrie. Pour la traçabilité des expériences, le groupe d'informaticiens de l'EDyP a développé ePimsTM ("experimental Proteomics information management system"), qui est un LIMS dédié à la plate-forme de protéomique.